มีความเข้าใจที่ถูกบอกต่อๆกันมาหรือการเข้าใจผิดเกี่ยวกับระบบกรองชีวภาพและ ระบบนิเวศของปลามากมาย

1. เศษตะกอนดำๆในระบบกรองเป็นของเสียจากพื้นที่เลี้ยง ควรเอาออกบ่อยๆเท่าที่จะเป็นไปได้ ควรล้างกรองชีวภาพให้สะอาดทุกครั้งที่ทำความสะอาด นี่เป็นเรื่องที่เป็นสาเหตุของการที่ระบบกรองชีวภาพล่ม เนื่องจากที่เราล้างกรองแล้วทำการล้างแบคทีเรียที่มีประโยชน์ทิ้งไป ทำให้ปริมาณของเสียกับแบคทีเรียขาดความสมดุล

2. ถ้าระบบกรองไม่มีของเสียเลย แบคทีเรียดีจะค่อยๆตายไปเอง เรื่องจริงแบคทีเรียดีมีอายุอยู่ได้นานโดยใช้อาหารหรือของเสียเพียงเล็กน้อย แต่ถ้าไม่มีของเสียเลยแบคทีเรียดีไม่สามารถเกิดขึ้นมาได้อันนี้เป็นเรื่องจริง

3. การนำกรองชีวภาพจากตู้หรือบ่อที่ระบบกรองเข้าที่แล้วมาใส่ในตู้ใหม่เป็นการแพร่กระจายโรคต่างๆ จริงๆแล้วการนำวัสดุกรองชีวภาพจากระบบที่มีความสมดุลแล้วมาใส่ในตู้ใหม่ เป็นการเริ่มต้นที่ดีมาก สามารถทำให้ระบบกรองชีวภาพเซทตัวได้ในเวลาอันสั้น นี่เป็นสิ่งที่นักเลี้ยงปลาอาชีพทำกันแต่ไม่ได้บอกมือใหม่

4. แบคทีเรียดีจะเติบโตตามจำนวนของเสีย ถ้าของเสียมีน้อยก็จะมีแบคทีเรียดีน้อย ความจริงแล้วแบคทีเรียดีจะเติบโตและขยายพันธุ์ตามพื้นที่ผิวที่มีอยู่ในระบบกรอง ยิ่งระบบกรองมีพื้นที่ผิวมากเท่าไร ก็จะยิ่งมีจำนวนแบคทีเรียดีมากขึ้นเท่านั้น เราจึงควรให้ความสำคัญกับพื้นที่ผิวของวัสดุกรองที่เลือกใช้

5. แบคทีเรียดีแบบบรรจุขวด สามารถช่วยให้ระบบกรองเซทตัวเร็วขึ้น เพราะเป็นแบคทีเรียที่มีความเข้มข้นสูง เรื่องนี้เป็นความจริงแค่บางส่วน แบคทีเรียที่ดีสามารถหาได้ไม่ยากเลยใน 1 กรัมของดินที่ไว้ปลูกต้นไม้ทั่วไป มีแบคทีเรียดีถึง 19,000,000 ตัว เพราะฉะนั้นเราสามารถใช้ดินเพียง 1 กรัม หรือ วัสดุกรองใช้แล้วจากระบบกรองที่เซทตัวแล้วเพียงเล็กน้อย เพื่อเป็นตัวเริ่มในการสร้างระบบกรองชีวภาพได้เลย โดยไม่ต้องลงทุนอะไรมาก